Система управления отходами на территории Кокандского университета является важной составляющей политики экологической устойчивости.

Основная цель данного направления — сокращение объёма отходов, их правильная сортировка, переработка и повторное использование с целью снижения негативного воздействия на окружающую среду.
На территории университета установлены специальные контейнеры для раздельного сбора отходов: пластика, бумаги, органических и других видов мусора. Кроме того, среди студентов и сотрудников проводится разъяснительная работа по вопросам правильного обращения с отходами.
Ресурсы, полученные в результате переработки отходов (например, бумажные и пластиковые материалы), повторно используются для хозяйственных нужд кампуса. Это позволяет не только уменьшить объём отходов, но и повысить экономическую эффективность.
Кокандский университет планирует постепенно внедрять концепцию «нулевых отходов» (zero waste), сокращать использование бумаги за счёт цифрового документооборота, а также активно применять возобновляемые ресурсы в своей деятельности.